Projekto vykdytojas Aplinkos projektų valdymo agentūrai teikia galutinę projekto įgyvendinimo ataskaitą ir ataskaitas po projekto užbaigimo. Šių ataskaitų formos patvirtintos Finansų ministro 2008 m. balandžio 24 d. įsakymu Nr. 1K-154 (Žin., 2008, Nr. 50-1868):
- galutinės projekto įgyvendinimo ataskaitos forma;(2011-05-31 aktuali redakcija)
- ataskaitos po projekto užbaigimo forma;(2010-01-15 aktuali redakcija)
Galutinė projekto įgyvendinimo ataskaita teikiama kartu su galutiniu mokėjimo prašymu ir banko pažyma apie Projekto sąskaitoje sukauptas palūkanas ne vėliau kaip per 30 kalendorinių dienų po projekto veiklų įgyvendinimo termino pabaigos. Taip pat kartu turi būti pateikta ir auditoriaus išvada, jei ji numatyta projekto finansavimo ir administravimo sutartyje. Projekto vykdytojas prie galutinės projekto įgyvendinimo ataskaitos turi pateikti viešumo priemonių įgyvendinimą pagrindžiančius dokumentus (stendų nuotraukas, straipsnių kopijas ir pan.), jei jie nebuvo pateikti su mokėjimo prašymais. Jei įgyvendinant projektą gaunamas pajamas, apibrėžtas Reglamento (EB) Nr. 1083/2006 55 straipsnio 2 dalyje, įmanoma iš anksto objektyviai apskaičiuoti ir jos buvo iš anksto apskaičiuotos, projekto vykdytojas kartu su galutine ataskaita turi pateikti atnaujintą Bendrai finansuojamų iš Europos Sąjungos fondų lėšų projektų, iš kurių gaunama pajamų, paraiškos dėl projekto finansavimo priedą, kurio forma bei pildymo instrukcija paskelbta http://www.esparama.lt/2007-2013/lt/vykdytojams/metodika/pajamu.
Ataskaita po projekto užbaigimo teikiama 5 metus po galutinės projekto įgyvendinimo ataskaitos patvirtinimo dienos kasmet, ne vėliau kaip per 30 kalendorinių dienų pasibaigus kalendoriniams metams.
