2002 m. prie Lietuvos Respublikos aplinkos ministerijos įkurta ISPA programos įgyvendinimo agentūra, kuri užtikrino racionalų ISPA lėšų panaudojimą ir veiksmingą programų įgyvendinimą. Per Europos Sąjungos ISPA programas buvo pradėti finansuoti aplinkosaugos projektai Lietuvoje.
2004 m. agentūra pervadinta į Aplinkos projektų valdymo agentūrą (APVA).
Nuo 2004 m. gegužės 1 d. Lietuvai įstojus į Europos Sąjungą (ES), APVA administruoja aplinkosaugos projektus finansuojamus iš ES Sanglaudos fondo ir struktūrinių fondų, taip pat toliau prižiūri, kaip vykdomi ISPA fondo finansuojami projektai.
Atlikdami savo kasdieninį darbą, APVA specialistai administruoja ES finansuojamus projektus, stebi lėšų panaudojimą ir apskaitą, užtikrina, kad parama būtų panaudota tinkamai.
Galiojantys LR Aplinkos ministerijos Aplinkos projektų valdymo agentūros procedūrų vadovai:
2004-2006 procedūrų vadovas: I-III dalys IV-VI dalys
